В компании СФЕРА применяется матричная организационная структура, которая эффективно объединяет функциональное управление и проектный подход. Специализированные подразделения компании, обладающие экспертизой в области технического заказчика, обеспечивают комплексное решение задач в каждом проекте.

Руководитель проекта, назначенный на конкретный проект, управляет командой и координирует её работу под контролем Генерального директора. Состав команды и степень участия специалистов гибко меняются в зависимости от текущей стадии проекта, поставленных задач и других важных факторов.